Instrukcje dotyczące przygotowania dokumentu z artykułem
Informacje ogólne
Publikacja powinna dotyczyć dowolnych zagadnień z zakresu biotechnologii, biologii molekularnej, biochemii, biofizyki lub bioinformatyki. Artykuł napisany w konwencji popularno-naukowej powinien zawierać min. 1500 słów (tj. ok. 200 linii tekstu). Wskazane jest zamieszczenie rysunków lub tabel jeśli ich publikacja ułatwi odbiór i popularyzację opisywanych zagadnień
Rysunki, których rozmiary powinny mieścić się w przedziale od 200 do max. 600 pikseli, powinny być zapisane w formacie GIF, PNG lub JPG Pojedynczy plik z rysunkiem nie powinien zajmować więcej niż 50 kB (w uzasadnionych przypadkach może być większa). Znalezienie właściwego kompromisu między jakością grafiki i wielkością pliku będzie uwzględnione w ocenie technicznej strony artykułu. Zalecanym rozwiązaniem problemu umieszczania w artykule grafiki, co do której trudno znaleźć satysfakcjonujący kompromis między wielkością odpowiedniego pliku a jakością grafiki, jest stworzenie dwóch wersji rysunku: mała objętość/gorsza jakość oraz większa objętość/dobra jakość. Plik z rysunkiem w pierwszej wersji należy umieszczać bezpośrednio w artykule natomiast drugi podłączać jako załącznnik i w opisie do rysunku umieszczać do niego odnośnik hipertekstowy. Np.
Rysunek 1. Przykładowy rysunek 65.5 kB (oryginalny, 334 kB)
Wskazane jest umieszczenie na końcu artykułu wykazu cytowanych materiałów źródłowych. Jeśli to możliwe, cytowane odnośniki powinny zawierać powiązanie hipertekstowe (np. do streszczeń w bazie PubMed do portalu, z którego pochodzą cytowane informacje; do strony domowej autora cytowanych informacji; itp.).
Zakładanie konta użytkownika i strony WWW
Poniżej podano podstawowe informacje dotyczące sposobu przygotowania dokumentu z treścią artykułu:
Aby móc rozpocząć pracę na wiki articles należy założyć tam konto. W tym celu wchodzimy na stronę http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/articles/UserPreferences. W polu Name wpisujemy login w postaci ImieNazwisko z pominięciem polskich znaków np. student Józef Książek wpisuje JozefKsiazek (login musi być w formacie CamelCase, każde kolejne słowo ma się zaczynać od wielkiej litery). W pole Password i PasswordRepeat wpisujemy haslo jakim chcemy się logować, a w polu E-mail -kontaktowy adres email. Następnie tworzymy konto naciskając przycisk Create Profile
UWAGA1: Studenci, którzy nie zastosują sie do powyższych reguł pozbawienibędą prawa edycji i uniemożliwi im to korzystanie z konta. Samo konto z czasem zostanie usunięte.
UWAGA2: Po utworzeniu konta studenci nie mają jeszcze praw do tworzenia nowych stron. Aby takie prawa uzyskać, należy się skontaktować z administratorem (np. mailowo: Janusz Mordarski).
Po zalogowaniu tworzymy stronę o nazwie NazwiskoROK (rok - dwie cyfry, np 06 dla kursu rozpoczętego w 2006 roku) np. Nielot06 dla Anastazji Nielot. Aby stworzyć stronę należy w oknie przeglądarki wpisać jej adres (np. Anastazja Nielot wpisuje http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/articles/Nielot06). Następnie z Page templates wybrać ArticleTemplate. W oknie edycji zmienić
[[Include(ArticleTemplate/AbstractTemplate)]]
[[Include(Nielot06/Abstract)]]
Ponieważ strona Nazwisko05/Abstract nie istnieje należy ją stworzyć w analogiczny sposób z tym że zamiast ArticleTemplate wybieramy AbstractTemplate. Po wykonaniu powyższych czynności utworzona strona powinna wyglądać tak samo jak strona Nielot06.
UWAGA: Nie modyfikujemy stron AbstractTemplate i ArticleTemplate! W przypadku niezastosowania się do powyższej prośby zemsta pozostałych Koleżanek i Kolegów, którzy nie będą mogli w łatwy sposób stworzyć strony może być krwawa.
Modyfikujemy #pragma keywords na obu stronach (Nazwisko06 i Nazwisko06/Abstract) tak aby w tych miejscach znalazły się słowa kluczowe odnoszące się do naszego artykułu.
UWAGA: w tekście artykułu proszę nie umieszczać spisu treści.
- W trakcie procesu tworzenia publikacji strona powinna należeć
wyłącznie do kategorii Draft. Ostatnim etapem przy tworzeniu artykułu powinno być dopisanie publikacji do kategorii Evaluation i do kategorii odpowiadających tematyce artykułu oraz usunięcia z listy kategorii Draft (tj. wpisu [wiki:Self:CategoryDraft Draft]). Listę dostępnych kategorii można znaleźć tutaj. Wszystkie kategorie umieszczamy w sekcji catfield oddzielając je znakiem |. Np.:
Kategorie: Ocena | Biochemia | Biotechnologia
do p.Janusza Mordarskiego. Po zaakceptowaniu zostanie ona umieszczona na liście dostępnych kategorii i wtedy można umieścić w niej artykuł.
Edycja
Dostępne są dwa tryby edycji stron wiki w MoinMoin: tekstowy (text) i graficzny (gui). Można się do nich dostać przez menu Action > Edit. Edytor tekstowy dostępny był od początku istnienia tego systemu. Praca z nim wymaga samodzielnego znakowania elementów tekstu, sekcji, formatowania (pogrubienie) itp. Ma to swoje plusy i minusy, do plusów niewątpliwie należy większy stopień kontroli nad wprowadzanymi treściami, a także kompatybilność ze wszystkimi przeglądarkami WWW. Tryb graficzny jest zdecydowanie bardziej atrakcyjny dla użytkowników lubiących pracę w trybie WYSIWYG, praca z tekstem strony jest łatwiejsza i przyjemniejsza. Edytor GUI nie jest kompatybilny ze wszystkimmi przeglądarkami WWW, jego działanie opiera się na JavaScript i obecnie nie współpracuje np. z popularną Operą (w tym momencie użytkownicy Opery powinni korzystać tylko z edytora tekstowego).
- Szczegółowe informacje dotyczące sposobu formatowania tekstu w wiki
MoinMoin dostępne są na stronie HelpOnFormatting. W tej części dokumentu podane są jedynie podstawowe elementy znakowania:
Formatowanie
- nagłówki/śródtutuły
- użytkownicy korzystający z trybu graficznego nie powinni zapominać o podstawowych regułach dotyczących tworzenia tekstów poprawnych semantycznie (m.in prawidłowe zagnieżdżanie nagłówków, sekcji tzn. nagłówki niższego poziomu muszą być poprawnie zagnieżdżone w sekcji nagłówka wyższego poziomu, np. par. 2, a w nim 2.1, 2.2, 2.3, dowolny 2.x nie może się znajdować poza sekcją 2)
tekst powinien być objęty znakami =, ich liczba decyduje o poziomie śródtytułu; przed pierwszym i po ostatnim znaku = nie mogą znajdować się znaki spacji:
== podtytuł == === podpodtytuł === ===== podpodpodpodtytuł =====
- pogrubienie/pochylenie/podkreślenie
'''tekst pogrubiony''', ''kursywa'', '''''pogrubiona kursywa''''', __podkreślony tekst__
i sposób jego wyświetlania: tekst pogrubiony, kursywa, pogrubiona kursywa, podkreślony tekst
- tekst nieformatowany
- musi być ujęty między trzema znakami nawiasu klamrowego
otwierającego i zamykającego (tj. { i })
Listy
* Lista nienumerowana * Następny element * Next ...
- Lista nienumerowana
- Następny element
- Next ...
Lista numerowana 1. banan 1. jabłko 1. gruszka
- banan
- jabłko
- gruszka
Rysunki
Rysunki umieszczamy w sekcji figure w następujący sposób:
{{{ #!figure [[Image(figure.png,height=230,width=150,alt=Rozterki pingwina)]] Rysunek 1. Rozterki pingwina } } }
UWAGA: przy zamknięciu sekcji figure nie powinno być spacji pomiędzy nawiasami } . Zostały one tam umieszczone tylko dlatego, że parser błędnie rozpoznaje w tym miejscu koniec sekcji.
Korzystamy z makra Image. podajemy nazwę pliku z obrazkiem ('figure.png'), oraz wymiary. Jeśli wiemy, że obrazek ma w poziomie nie więcej niż 600 pikseli, można pominąć podawanie wymiarów. W przypadku, gdy chcemy załączyć większy obrazek, należy go przeskalować tak, aby miał nie więcej niż 600px szerokości (wystarczy np. podać parametr height=500). Z kolei 'alt' to opis obrazka, który pojawia się po najechaniu na niego kursorem myszy w przeglądarce WWW. Parametr ten nie jest wymagany, można go podawać opcjonalnie.
Rysunek 1. Rozterki pingwina.
UWAGA: Brak podpisu do rysunku wg podanego wzorca będzie powodował obniżenie punktowej oceny artykułu.
Tabele
Każda tabela powinna mieć podpis postaci Tabela NR. Podpis ....
|| Owoce || Ilość || || jabłko || 3 || ||gruszka || 2|| Tabela 1. Ilość owoców ||<|2> 2 wiersze || 1||1|| ||<-2> 2 kolumny|| Tabela 2. Przykład rowspan i colspan
Tabela 1. Ilość owocówOwoce
Ilość
jabłko
3
gruszka
2
Tabela 2. Przykład rowspan i colspan2 wiersze
1
2
2 kolumny
Powiązania hipertekstowe
HelpOnFormatting - link do strony na wiki [wiki:Self:HelpOnFormatting Formatowanie] [http://google.pl] [http://www.onet.pl Onet] attachment:source.txt - źródła tej strony [[Anchor(lotkoszacy)]] Podobna tematyka jest podejmowana w artykule wiki:Self:Liguzinski04 w części [wiki:Self:Liguzinski04#discproc ''Przykłady dyskretnych procesów stochastycznych''] [mailto:nobody@nowhere Adresat] - adres e-mail
HelpOnFormatting - link do strony na wiki
source.txt - źródła tej strony
Podobna tematyka jest podejmowana w artykule Liguzinski04 w części ''Przykłady dyskretnych procesów stochastycznych''
- Uwaga: Aby ciąg wyrazów nie był linkiem należy poprzedzić go
znakiem ! np. !PubMed będzie wyswietlane jako PubMed.
Inne
Znaki specjalne typu α β Ǻ można wstawić z Tablicy znaków . W tym celu w systemie Linux (Debian) uruchamiamy program charmap, wybieramy właściwy znak i kopiujemy. W systemach WindowsXP Tablica znaków znajduje się w Start->Akcesoria->Narzędzia systemowe-> Tablica znaków
- Załączniki do strony (rysunki, pliki tekstowe) dodajemy wybierając
z listy More Actions -> Attachement i postępujemy według wyświetlonej instrukcji
Tutaj można znaleźć dodatkowe informacje pomocne przy tworzeniu artykułu.