Zastosowania bioinformatyki

Kurs obowiązkowy dla studentów IV roku kierunku Biofizyka. Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów oraz 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (35%) i testu końcowego (35%). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursu Podstawy Bioinformatyki (BT282).

Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne (MSA). [3] Metody wyznaczania MSA. [4] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [5] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [6, 7] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [8] Metody przewidywania struktury białek. [9] Metaserwery.

Program ćwiczeń: [1] Dopasowania wielu sekwencji. Baza danych dopasowań referencyjnych: BaliBase. [2] Klasyfikacja i kategoryzacja danych z mikromacierzy. [3] Edycja dopasowań wielu sekwencji programami ClustalX i JalView. [4] Analiza domenowej architektury białek (Hmmer i Pfam). [5] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [6] Zaawansowane techniki molekularnej analizy filogenetycznej. [7] Podstawy modelowania porównawczego (Modeller). [8] Metaserwery wykorzystywane w przewidywaniu struktury białek. [9] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych. [10] Końcowy test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2014/2015):

wykłady
wtorek (14:30-15:30, sala D104)
ćwiczenia
wtorek (12:20-14:20, sala D111 gr. 1, biofizyka); wtorek (16:00-18:00, sala D111, gr. 2, bioinformatyka z biofizyką stosowaną); piątek (9:45-11:45, sala D111 gr. 3, bioinformatyka)



Literatura

BioInfoCourses: AppliedBioinformatics (last edited 2016-10-04 11:41:36 by KrzysztofMurzyn)