BT152 ZASTOSOWANIE MODELOWANIA MOLEKULARNEGO W BIOTECHNOLOGII
Prowadzący: prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula
Wymiar godzin: 15 godz. wykładów + 15 godz. ćwiczeń + 15 godz. seminariów
Forma zaliczenia: pisemne opracowanie ćwiczeń wg punktów zawartych w instrukcji, zaliczenie seminarium oraz egzamin pisemny
ECTS: 4 , semestr: Z , miejsce: D107 WBBiB , ograniczenie dostępności: brak
Wymagania wstępne: zaliczenie kursu Podstawy modelowania molekularnego biocząsteczek (kurs BT151)
Opis kursu:
- Podsumowanie metod modelowania molekularnego
- Analiza wyników symulacji dynamiki molekularnej: a. równowagowa struktura układów molekularnych; b. równowagowa dynamika układów molekularnych
- Weryfikacja modeli komputerowych
- Optymalizacja struktury na przykładzie białka rozpuszczalnego
- Analiza konformacyjna polipeptydów
- Zastosowanie modelowania molekularnego w badaniach układów błonowych
Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z potencjałem badawczym najnowszych programów do modelowania molekularnego biocząsteczek. Studenci wykonują ćwiczenia samodzielnie (2 osoby przy jednym komputerze).
- strony dostępne dla uczestników kursu
- Termin zajęć
- Wykład
- piątek 14:00-16:00
Literatura
- Molecular Modelling: Principles and Applications. A.R. Leach, Longman, 1996.\
- Molecular Modelling and Simulation. T. Schlick, Springer, 2002.
Suplement: średniowanie po czasie i po zbiorze, funkcja autokorelacji, weryfikacja modelu, homology modelling, badania makromolekularnych bio-układów metodami komputerowymi