ZASTOSOWANIE MODELOWANIA MOLEKULARNEGO W BIOTECHNOLOGII

• Prowadzący: Prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula

• Wymiar i punktacja: 45 godz. (15 godz. wykład, 15 godz. seminarium, 15 godz. ćwiczenia)
• Forma zaliczenia: Egzamin.
• Termin: 7 semestr (zimowy).

Treść kursu

1. Podsumowanie metod modelowania molekularnego
2. Analiza wyników symulacji dynamiki molekularnej
   • równowagowa struktura układów molekularnych
   • równowagowa dynamika układów molekularnych
3. Weryfikacja modeli komputerowych
4. Zastosowanie modelowania molekularnego w badaniach błon lipidowych
5. Zastosowanie modelowania molekularnego do badania mechanizmu działania i specyficzności peptydów antybakteryjnych
6. Zastosowanie modelowania molekularnego w badaniach białek błonowych
7. Zastosowanie modelowania molekularnego w badaniach białek rozpuszczalnych
8. Analiza konformacyjna polipeptydów

• Wykłady

Studenci wykonują ćwiczenia samodzielnie (2 osoby przy jednym komputerze) korzystając z programów do modelowania molekularnego zainstalowanych na stacjach graficznych.

Instrukcje do ćwiczeń dla kierunku Biotechnologia, IV Rok

• Ćwiczenie 1 - Porównywanie fizykochemicznych własności i struktur biocząsteczek; algorytmy poszukiwania optymalnej struktury biocząsteczki. Instrukcja, Plik do zapisania w katalogu domowym

  • Dodatkowe materiały: Zimmermann, Graham