Bioinformatyka dla studentów Biochemii

Kurs obowiązkowy dla studentów II roku Biochemii. Kurs odbywa się w semestrze letnim i obejmuje 10 godzin seminariów oraz 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się: ocena ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (25%), seminarium (20%) i testu końcowego (25%).

Program seminariów (ok. 120 min każde): [1] Wprowadzenie. Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [2] Elementarna analiza sekwencji. Dopasowanie sekwencji. Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [3] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (ok 2h każda): [3] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [4] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [5] Macierze kropkowe. [6] Dopasowania sekwencji. [7] Algorytm FASTA. [8] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. [9, 10] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2010/2011):

seminaria
  • poniedziałek (15:00-17:00, sala D111)
ćwiczenia
  • wtorek (12:15-14:15, sale D111 i D112)



Literatura

  • Informacje o kursie PDF

  • Wprowadzenie do wybranych zagadnień w bioinformatyce PDF

  • Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Higgs & Attwood, PWN 2008

BioInfoCourses: EssentialBioinformatics (last edited 2015-03-02 12:10:58 by KrzysztofMurzyn)