Najczęściej zadawane pytania

Bioinformatyka

Alternatywne serwery SRS

Główny serwer SRS (@EBI) bywa dosyć kapryśny (np. na dzień 5.12.2011 niepoprawnie zindeksowana jest baza danych PFAMA w wyniku czego nie można z niej korzystać) lub czasami bardzo przeciążony (wolne działanie). Warto w takich przypadkach skorzystać z alternatywnych serwisów, których aktualizowana lista znajduje się na stronach BioWisdom. W szczególności godne polecenia są serwery:

Korzystanie z kilku serwerów SRS jednocześnie

Publicznie dostępne serwery SRS różnią sie doborem baz danych i dostępnego oprogramowania. Czasami istnieje konieczność wykorzystania wyników przeszukiwania uzyskanych w jednym serwerze do przeszukiwania uruchamianego na drugim serwerze. Do przenoszenia wyników wybranego przeszukiwania można wykorzystać opcję Save w panelu Results options a następnie zapisać w pliku tekstowym identyfikatory wyszukanych rekordów (Output to: File (text) oraz Save as: ASCII (text) i Save with view: Names only). Następnie na nowym serwerze SRS należy wyszukać w odpowiedniej bazie danych rekordy o wskazanych identyfikatorach (wzgl. kodach dostępu) a wynik takiego przeszukiwania wykorzystać w dalszej pracy na nowym serwerze. W wersji >8 serwery SRS umożliwiają wklejenie do pola tekstowego listy wyszukiwanych identyfikatorów rekordów (mySRS, Search the following databank ... for the following identifiers). Alternatywnie można odpowiednie zapytanie sformułować w języku zapytań, np.

  • [uniprot-id:{ANDR_HUMAN | BAX_HUMAN | BTK_HUMAN | EPN1_HUMAN | EPN3_HUMAN | ESR1_HUMAN }]

Technikalia

Jak wygenerować dokument PDF z poziomu programu MSWord?
Można w tym celu użyć programu pdf995 (shareware) dostępnego

pod adresem http://www.pdf995.com.

Lista programów (MSWindows) umożliwiających zdalne wykonanie części ćwiczeń

putty, winscp

Krótko i na temat (RefCards)
W poniższej tabeli można znaleźć krótkie opracowania podstawowych zagadnień z różnych dziedzin.
  • Niezbędnik uczestnika ćwiczeń

    linux-ref.pdf

  • BioInfoCourses: FAQ (last edited 2011-12-05 20:39:23 by KrzysztofMurzyn)