Podstawy bioinformatyki

Kurs obowiązkowy dla studentów III roku Biofizyki. Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 12 godzin wykładów, 27 godzin ćwiczeń oraz 6 godzin seminariów (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu wpływa ocena ze sprawozdań z ćwiczeń (35%), egzamin testowy (50%) oraz ocena prezentacji seminaryjnej (15%). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursów matematyki, biofizyki i biochemii.

Opis kursu

Bioinformatyka jest nową dziedziną nauk biologicznych, która stosuje techniki i modele komputerowe do przetwarzania informacji gromadzonej w licznych biologicznych bazach danych. W trakcie wykładów przedstawione zostaną teoretyczne podstawy bioinformatyki w zakresie elementarnej analizy sekwencji białek i kwasów nukleinowych metodami macierzy punktowych, uliniawiania sekwencji metodami programowania dynamicznego, sposobów wyznaczania i zakresu stosowalności macierzy podstawień aminokwasowych i nukleotydowych, zastosowania algorytmów heurystycznych do przeszukiwania baz sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych. Ćwiczenia w ramach kursu obejmują [1] wyszukiwanie informacji w sieci Internet [2] podstawy programowania obiektowego w języku Python, [3] wizualizację struktury przestrzennej makrocząsteczek, [4] wprowadzenie do pakietu EMBOSS, [5] analizę sekwencji metodą macierzy punktowych, [6] metody uliniawiania sekwencji, [7] obsługę zintegrowanego systemu wyszukiwania sekwencji (SRS), [8] zastosowania heurystycznych algorytmów zaimplementowanych w pakiecie BLAST do porównywania sekwencji białek i kwasów nukleinowych, [9] identyfikację odległych homologów z wykorzystaniem pakietu FASTA.