Podstawy bioinformatyki (BT282)

Kurs obowiązkowy dla studentów III roku Biofizyki. Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 12 godzin wykładów, 27 godzin ćwiczeń oraz 6 godzin seminariów (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się: ocena ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (30%), seminarium (10%) i testu końcowego (30%).

Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [3] Techniki ekploracji biologicznych danych tekstowych. [4] Zintegrowany system wyszukiwania sekwencji (SRS). [5] Elementarna analiza sekwencji. [6] Dopasowanie sekwencji. [7] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [8, 9] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (ok 2h każda): [1] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [2] Eksploracja danych tekstowych zgromadzonych w NCBI PubMed [3] Zintegrowany system wyszukiwania sekwencji (SRS). [4] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [5] Macierze kropkowe. [6] Dopasowania sekwencji. [7] Algorytm FASTA. [8] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. [9] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2010/2011):

wykłady
  • czwartek (8:30-9:30, sala D106)
ćwiczenia
  • czwartek (12:15-14:15, sala D111 gr. Bfiz, sala D112 gr Binf)
seminaria
  • biofizyka: czwartek 10.12.2015 8:30 D106 (4 osoby), czwartek 17.12.2015 8:30 D106 (4 osoby)

  • bioinformatyka: czwartek 7.01.2016 8:30 D106 (4 osoby), czwartek 14.01.2015 8:30 D106 (4 osoby)



Literatura

BioInfoCourses: FundamentalsOfBioinformatics (last edited 2015-11-19 09:10:52 by KrzysztofMurzyn)