Bioinformatyka (BT107)

Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (35%) i testu końcowego (35%).

Program wykładów: [1] Wprowadzenie i sprawy organizacyjne. [2] System GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [3] Programowanie w Pythonie. [4] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [5] Elementarna analiza sekwencji. [6] Dopasowanie sekwencji. [7] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [8, 9] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (ok 2h każda): [1] Powłoka systemu GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [2] Wizualizacja struktury przestrzennej makrocząsteczek (PyMOL) [3] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [4] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [5] Macierze kropkowe. [6] Dopasowania sekwencji. [7] Algorytm FASTA. [8] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. [9, 10] Praktyczny i końcowy test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2013/2014):

wykłady
  • środa (14:00-15:00, sala 1.01.13 (parter))
    • wykłady nie odbędą się w następujących dniach: 26.10.2016, 30.11.2016, 21.12.2016 oraz 25.01.2017
ćwiczenia
  • środa 8:30-10:30, sala D111
  • środa 10:45-12:45, sala D111, D112 (opcja B019)
  • środa 15:15-17:15, sala D111 i D112
  • środa 17:30-19:30, sala D111



Literatura

BioInfoCourses: IntroBioinformatics (last edited 2016-10-05 10:59:46 by KrzysztofMurzyn)