Bioinformatyka

Kurs obowiązkowy dla studentów III roku Biotechnologii (BT3) i Biofizyki (BF3) oraz studentów Biologii (B) i słuchaczy Studium Doktoranckiego Biochemia/Biofizyka (D). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu wpływa ocena ze sprawozdań z ćwiczeń (50%), egzamin testowy (40%) oraz ocena publikacji popularno-naukowej (10%). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursów matematyki, biofizyki i biochemii.

Opis kursu

Bioinformatyka jest nową dziedziną nauk biologicznych, która stosuje techniki i modele komputerowe do przetwarzania informacji gromadzonej w licznych biologicznych bazach danych. W trakcie wykładów przedstawione zostaną teoretyczne podstawy bioinformatyki w zakresie elementarnej analizy sekwencji białek i kwasów nukleinowych metodami macierzy punktowych, uliniawiania sekwencji metodami programowania dynamicznego, sposobów wyznaczania i zakresu stosowalności macierzy podstawień aminokwasowych i nukleotydowych, zastosowania algorytmów heurystycznych do przeszukiwania baz sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych. Ćwiczenia w ramach kursu obejmują [1] wprowadzenie do systemu Unix (Linux, Irix), [2] wyszukiwanie informacji w sieci Internet [3] podstawy programowania obiektowego w języku Python, [4] wizualizacjê struktury przestrzennej makrocząsteczek, [5] wprowadzenie do pakietu EMBOSS, [6] analizę sekwencji metodą macierzy punktowych, [7] metody uliniawiania sekwencji, [8] obsługę zintegrowanego systemu wyszukiwania sekwencji (SRS), [9] zastosowania heurystycznych algorytmów zaimplementowanych w pakiecie BLAST do porównywania sekwencji białek i kwasów nukleinowych, [10] identyfikację odległych homologów z wykorzystaniem pakietu FASTA.