BT151 Podstawy modelowania molekularnego biocząsteczek

Prowadzący: wykłady - dr Michał Markiewicz, ćwiczenia - dr Michał Markiewicz, mgr Bożena Milanović
Wymiar godzin: 15 godz. wykładu i 15 godz. ćwiczeń
Forma zaliczenia: pisemne opracowanie ćwiczeń wg punktów zawartych w instrukcji oraz egzamin pisemny.
ECTS: 3 , semestr: 5 , miejsce: wykład - P1.01.5, ćwiczenia - D112, termin: wykład - czwartek 8:30-10:00, ćwiczenia - wtorek 12:00-15:30, piatek 12:45-16:30
Wymagania wstępne: brak , ograniczenia dostępności: brak

Opis kursu:

  1. Definicja i perspektywy modelowania molekularnego
  2. Struktura przestrzenna cząsteczki i oddziaływania międzyatomowe
  3. Funkcja potencjału i jej parametry: a. wymiar problemu i stosowane przybliżenia
  4. Optymalna struktura układu molekularnego: a. metody minimalizacji funkcji potencjału - problem lokalnych minimów
  5. Dynamiczne zachowanie układu molekularnego - symulacja dynamiki molekularnej: a. rozwiązanie równania ruchu dla każdego atomu w układzie; b. wymiar problemu i stosowane przybliżenia

Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek i stanowią ilustrację zagadnień omawianych na wykładzie, Studenci wykonują ćwiczenia samodzielnie (2 osoby przy jednym komputerze).



Literatura: Molecular Modelling: Principles and Applications. A.R. Leach, Longman, 1996.

Suplement: funkcja potencjału, pole siłowe, struktura przestrzenna makrocząsteczek, optymalizacja struktury, dynamika molekularna.

BioInfoCourses: IntroModMol (last edited 2016-10-06 12:59:57 by MichalMarkiewicz)