BT151 Podstawy modelowania molekularnego biocząsteczek

Prowadzący: prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula
Wymiar godzin: 15 godz. wykładu + 15 godz. ćwiczeń
Forma zaliczenia: pisemne opracowanie ćwiczeń wg punktów zawartych w instrukcji oraz egzamin pisemny.
ECTS: 3 , semestr: 5 , miejsce: D107 WBBiB , termin: wykład - czwartek 16:00-18:00
Wymagania wstępne: brak , ograniczenia dostępności: brak

Opis kursu:

1. Definicja i perspektywy modelowania molekularnego
2. Struktura przestrzenna cząsteczki i oddziaływania międzyatomowe
3. Funkcja potencjału i jej parametry: a. wymiar problemu i stosowane przybliżenia
4. Optymalna struktura układu molekularnego: a. metody minimalizacji funkcji potencjału - problem lokalnych minimów
5. Dynamiczne zachowanie układu molekularnego - symulacja dynamiki molekularnej: a. rozwiązanie równania ruchu dla każdego atomu w układzie; b. wymiar problemu i stosowane przybliżenia

Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek i stanowią ilustrację zagadnień omawianych na wykładzie, Studenci wykonują ćwiczenia samodzielnie (2 osoby przy jednym komputerze).

• strony dostępne dla uczestników kursu

  • Wykłady

  • Instrukcje do ćwiczeń

  • Zasady prowadzenia i zaliczenia kursu BT151

  • Wyniki

• strony dostępne dla prowadzących zajęcia

  • Uwagi i notatki

  • Sprawy administracyjne

Literatura: Molecular Modelling: Principles and Applications. A.R. Leach, Longman, 1996.

Suplement: funkcja potencjału, pole siłowe, struktura przestrzenna makrocząsteczek, optymalizacja struktury, dynamika molekularna.