PODSTAWY MODELOWANIA MOLEKULARNEGO BIOCZĄSTECZEK
Prowadzący: Prof. dr hab. Marta PASENKIEWICZ-GIERULA
Wymiar i punktacja: 30 godz. (15 godz. wykład + 15 godz. ćwiczeń); 30 p. (ECTS 3)
Forma zaliczenia: Pisemne opracowanie ćwiczeń wg punktów zawartych w instrukcji oraz kolokwium.
Termin: 5 semestr
Treść kursu:
- Definicja i perspektywy modelowania molekularnego
- Struktura przestrzenna cząsteczki i oddziaływania międzyatomowe
- Funkcja potencjału i jej parametry
- wymiar problemu i stosowane przybliżenia
- Metody obliczeniowe
- mechanika molekularna (MM)
- symulacja dynamiki molekularnej (MD)
- stosowane przybliżenia
Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek. Studenci będą wykonywać ćwiczenia samodzielnie na stacjach graficznych (2 osoby przy jednym komputerze).