BT248 MODELOWANIE MOLEKULARNE BIOCZĄSTECZEK "I" DLA KIERUNKU BIOFIZYKA

Prowadzący: wykłady - prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula, ćwiczenia - dr Michał Markiewicz
Wymiar i punktacja: 30 godz. wykład + 30 godz. ćwiczenia
Forma zaliczenia: Pisemne opracowanie ćwiczeń wg punktów zawartych w instrukcji oraz egzamin pisemny.
ECTS: 5 , semestr: 5 , miejsce: P0.3 ZBD, termin: wykład - czwartek, 10:15-11:45

Opis kursu:

  1. Definicja i perspektywy modelowania molekularnego
  2. Struktura przestrzenna cząsteczki i oddziaływania międzyatomowe
  3. Funkcja potencjału, parametry oddziaływań: a. wymiar problemu i stosowane przybliżenia, b. oddziaływania daleko-zasięgowe – stosowane modele
  4. Metody obliczeniowe: a. mechanika molekularna (MM) – optymalizacja struktury, lokalna i globalna stabilność, b. symulacja dynamiki molekularnej (MD) – generowanie ruchu, c. krok czasowy – stosowane przybliżenia
  5. Uzasadnienie podejścia klasycznego, ładunki atomowe
  6. Kontrola parametrów termodynamicznych – temperatura i ciśnienie

Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek i stanowią ilustrację zagadnień omawianych na wykładzie. Studenci będą wykonywać ćwiczenia samodzielnie na stacjach graficznych (2 osoby przy jednym komputerze).



Ćwiczenia
poniedziałek 9:30 - 14:00 (bioinformatyka), środa 9:30- 14:00 (biofizyka)


Literatura:

  1. "Molecular Modelling: Principles and Applications". A. R. Leach, Longman, 1996;
  2. "Reviews in Computational Chemistry". K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd, VCH Publishers, 1990.

suplement: pole siłowe, struktura przestrzenna makrocząsteczek, optymalizacja struktury, oddziaływania daleko-zasięgowe, dynamika molekularna, przybliżenie Borna-Oppenheimera, układ NVT

BioInfoCourses: ModMol1 (last edited 2016-11-04 09:19:08 by AgnieszkaKruszyna)