BT248 MODELOWANIE MOLEKULARNE BIOCZĄSTECZEK "I" DLA KIERUNKU BIOFIZYKA

Prowadzący: Prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula
Wymiar i punktacja: 30 godz. wykład + 30 godz. ćwiczenia
Forma zaliczenia: Pisemne opracowanie ćwiczeń wg punktów zawartych w instrukcji oraz egzamin pisemny.
ECTS: 5 , semestr: 5 , miejsce: d/u

Opis kursu:

1. Definicja i perspektywy modelowania molekularnego
2. Struktura przestrzenna cząsteczki i oddziaływania międzyatomowe
3. Funkcja potencjału, parametry oddziaływań: a. wymiar problemu i stosowane przybliżenia, b. oddziaływania daleko-zasięgowe – stosowane modele
4. Metody obliczeniowe: a. mechanika molekularna (MM) – optymalizacja struktury, lokalna i globalna stabilność, b. symulacja dynamiki molekularnej (MD) – generowanie ruchu, c. krok czasowy – stosowane przybliżenia
5. Uzasadnienie podejścia klasycznego, ładunki atomowe
6. Kontrola parametrów termodynamicznych – temperatura i ciśnienie

Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek i stanowią ilustrację zagadnień omawianych na wykładzie. Studenci będą wykonywać ćwiczenia samodzielnie na stacjach graficznych (2 osoby przy jednym komputerze).

• strony dostępne dla uczestników kursu

  • Wykłady

  • Instrukcje do ćwiczeń

  • Zasady prowadzenia i zaliczenia kursu BT248

  • Wyniki

• strony dostępne dla prowadzących zajęcia

  • Uwagi i notatki

  • Sprawy administracyjne

Termin zajęć:

Wykład

czwartek 10:00-12:00

Ćwiczenia

poniedziałek 13:30-18:00 , środa 8:00- 12:30

Literatura:

1. "Molecular Modelling: Principles and Applications". A. R. Leach, Longman, 1996;
2. "Reviews in Computational Chemistry". K. B. Lipkowitz and D. B. Boyd, VCH Publishers, 1990.

suplement: pole siłowe, struktura przestrzenna makrocząsteczek, optymalizacja struktury, oddziaływania daleko-zasięgowe, dynamika molekularna, przybliżenie Borna-Oppenheimera, układ NVT