BT289 MODELOWANIE MOLEKULARNE BIOCZĄSTECZEK "II" DLA KIERUNKU BIOFIZYKA

Prowadzący: wykłady i seminaria - prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula, ćwiecznia - dr Michał Markiewicz
Wymiar godzin: 15 godz. wykład + 30 godz. seminarium + 30 godz. ćwiczeń
Forma zaliczenia: pisemne opracowanie ćwiczeń w.g. punktów zawartych w instrukcji, zaliczenie seminarium oraz egzamin pisemny
suplement: statystyczna analiza trajektorii, funkcje autokorelacji, weryfikacja modelu, równanie Poissona-Boltzmanna, solwatacja układu, zastosowania modelowania molekularnego.
ECTS: 7 , semestr: Z , miejsce: wykład - sala D105 WBBiB, termin: wykład - środa, 10:15-11:45
Wymagania wstępne: zaliczenie kursu Modelowanie molekularne biocząsteczek I (kurs BT248)

Opis kursu:

  1. Przypomnienie podstaw mechaniki molekularnej i symulacji dynamiki molekularnej
  2. Analiza wyników symulacji dynamiki molekularnej układu w równowadze
    1. aspekty strukturalne
    2. aspekty dynamiczne
  3. Weryfikacja modelu komputerowego
  4. Obliczenie pola elektrostatycznego wokół cząsteczki – rozwiązanie równania Poissona-Boltzmanna
  5. Problemy solwatacji białka – uogólniony model Borna
  6. Badawcze zastosowania modelowania molekularnego w biologii strukturalnej

Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek. Studenci będą wykonywać ćwiczenia samodzielnie na stacjach graficznych (2 osoby przy jednym komputerze).



  • Terminy zajęć (2014/2015)

    Ćwiczenia: piątek 8:00-12:30

BioInfoCourses: ModMol2 (last edited 2017-10-12 12:52:07 by AgnieszkaKruszyna)