BT289 MODELOWANIE MOLEKULARNE BIOCZĄSTECZEK "II" DLA KIERUNKU BIOFIZYKA

Prowadzący: Prof. dr hab. Marta Pasenkiewicz-Gierula
Wymiar godzin: 15 godz. wykład + 30 godz. seminarium + 30 godz. ćwiczeń
Forma zaliczenia: pisemne opracowanie ćwiczeń w.g. punktów zawartych w instrukcji, zaliczenie seminarium oraz egzamin pisemny suplement: statystyczna analiza trajektorii, funkcje autokorelacji, weryfikacja modelu, równanie Poissona-Boltzmanna, solwatacja układu, zastosowania modelowania molekularnego.
ECTS: 7 , semestr: Z , miejsce: d/u
Wymagania wstępne: zaliczenie kursu Modelowanie molekularne biocząsteczek I (kurs BT248)

Opis kursu:

1. Przypomnienie podstaw mechaniki molekularnej i symulacji dynamiki molekularnej
2. Analiza wyników symulacji dynamiki molekularnej układu w równowadze
   1. aspekty strukturalne
   2. aspekty dynamiczne
3. Weryfikacja modelu komputerowego
4. Obliczenie pola elektrostatycznego wokół cząsteczki – rozwiązanie równania Poissona-Boltzmanna
5. Problemy solwatacji białka – uogólniony model Borna
6. Badawcze zastosowania modelowania molekularnego w biologii strukturalnej

Ćwiczenia mają na celu zaznajomienie studentów z programami do modelowania molekularnego biocząsteczek. Studenci będą wykonywać ćwiczenia samodzielnie na stacjach graficznych (2 osoby przy jednym komputerze).

Zasady

• strony dostępne dla uczestników kursu

  • Wykłady

  • Seminarium do wykładu

  • Instrukcje do ćwiczeń

  • Wyniki

• Termin zajęć:
Ćwiczenia
poniedziałek 8:00-12:30 , piątek 8:00- 12:30