Bioinformatyka praktyczna (BT338)

Kurs obowiązkowy dla studentów drugiego stopnia kierunku Biotechnologia (IV rok). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 9 godzin wykładów oraz 21 godzin ćwiczeń (ECTS: 3). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (35%) i testu końcowego (35%). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursu Bioinformatyka (BT107). Studentom szczególnie zainteresowanym bioinformatyką i planującym wykorzystywanie zdobytej w tym kursie wiedzy w szerszym zakresie polecamy wzięcie udziału w kursie Podstawy programowania (BT285).

Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne. [3] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [4] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [5] Metody przewidywania struktury białek. Metaserwery. [6] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej.

Program ćwiczeń: [1] Dopasowania wielosekwencyjne. Baza danych referencyjnych dopasowań wielosekwencyjnych: BaliBase. [2] Klasyfikacja i kategoryzacja danych z mikromacierzy. [3] Edycja dopasowań wielosekwencyjnych programami ClustalX i JalView. [4] Metaserwery wykorzystywane w przewidywaniu struktury białek. [5] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [6] Podstawy modelowania porównawczego. [7] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2010/2011):

wykłady
  • czwartek (11:00-12:00, sala P1.01.13, parter - obok BMS)
ćwiczenia
  • czwartek (8:45-10:45, dwie grupy: sala D111 i D112)
  • czwartek (15:15-17:15, dwie grupy: sala D111 i D112)
  • wtorek (8:00-10:00, sala D111)



Literatura

  • Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Higgs & Attwood, PWN 2008

  • Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Mount, CSHLP 2004

BioInfoCourses: PracticalBioinformatics (last edited 2015-10-07 13:49:22 by KrzysztofMurzyn)