Department of Computational Biophysics and Bioinformatics
The main aim of our research is to elucidate the basic mechanisms of the biophysical aspects of the cell membrane functioning. The tool we use is molecular modelling at the atomic level.
Our particular interests are:
- the organisation of the membrane/water interface and hydrocarbon chain region in membranes built of phospho- and glycolipids with saturated and mono-unsaturated chains
- the influence of selected sterols, terpenoids and local anaestethics on the interface and the non-polarcore of the membrane
- antibacterial activity and selectivity of magainin-2 peptide
- signal transduction of vasopressin V2 receptor in the membrane
- lipid - peptide, lipid - protein interactions
- membrane active compounds
In addition to membranes studies, we also successfully applied molecular modelling to investigate the influence of spin labeling to structure and dynamics of cytochrome c and to study of dimerisation and polymerisation of alpha1-antitrypsin, a serum protein.
In the field of bioinformatics, we employ:
- fold recognition methods and comparative modelling to predict the biological function of newly identified proteins,
biological text mining to handle non-trivial text queries to NCBI PubMed database
Zakład Biofizyki Obliczeniowej i Bioinformatyki
Głównym celem naszych badań jest wyjaśnienie podstawowych mechanizmów biofizycznych procesów zachodzących z udziałem lub w obrębie błony komórkowej. Nasze badania prowadzimy z rozdzielczością atomową stosując metodę symulacji dynamiki molekularnej.
Szczególne znaczenie mają dla nas:
- organizacja przestrzeni międzyfazowej woda/błona oraz rdzenia hydrofobowego błon lipidowych zbudowanych z fosfo- i glikolipidów zawierających nasycone i mono-nienasycone łańcuchy węglowodorowe
- wpływ wybranych steroli, terpenoidów oraz lokalnych anestetyków na własności przestrzeni międzyfazowej woda/błona oraz rdzenia hydrofobowego błon lipidowych
molekularne podstawy antybakteryjnego działania i selektywności amidu magaininy-2
- molekularny mechanizm przekazywania sygnału w receptorze V2 wazopresyny w środowisku błony lipidowej
- oddziaływania lipid/peptyd oraz lipid/białko
- związki błonowo czynne
Oprócz badań modelowych układów błonowych, z powodzeniem zastosowaliśmy metodę modelowania molekularnego do badania wpływu znakowania spinowego na strukturę i dynamikę cytochromu c, a także w badaniach procesu dimeryzacji i polimeryzacji antytrypsyny alfa1 – białka osocza krwi.
W zakresie badań bioinformatycznych, wykorzystujemy:
- metody rozpoznawania zwoju i modelowania porównawczego w celu przewidywania biologicznej funkcji nowo zidentyfikowanych białek
eksploracji danych tekstowych do obsługi nietrywialnych zapytań tekstowych kierowanych do bazy danych literaturowych NCBI PubMed