Podstawy modelowania molekularnego biocząsteczek

Plan ćwiczeń

15 godzin ćwiczeń podzielono na 3 bloki, w trakcie których poruszane będą zagadnienia:

1. Blok I

   1. Białkowa baza danych strukturalnych Protein Data Bank.

   2. Początki z PyMOL'em.

   3. Elementy strukturalne makrocząsteczek.

   4. Porównywanie dwóch struktur.

2. Blok II

   1. Wizualizacja struktury i własności biocząsteczek.

   2. Budowa i optymalizacja struktury cząsteczki.

   3. Generowanie ruchów molekularnych.

   4. Optymalizacja struktury i dynamika molekularna biocząsteczki

3. Blok III

   1. Programy treningowe do symulacji dynamiki molekularnej i analizy trajektorii

   2. Obliczenia na układach dwu atomowych

   3. Obliczenia na układzie wieloatomowym – reprodukcja danych literaturowych dla układu 125 atomów

   4. Wpływ wartości parametrów na wyniki symulacji

   5. Teoria i literatura

Uwagi ogólne

Instrukcja do ćwiczeń zawiera trzy typy zadań opisane poniżej.

Oznaczenia zadań w instrukcji do ćwiczeń:

• zadania wykonywane w oparciu o informacje w instrukcji lub uwagi prowadzącego ćwiczenia.

• zadania wykonywane samodzielnie, po przygotowaniu rozwiązania student sygnalizuje gotowość odpowiedzi, która jest oceniana w trakcie zajęć

• odpowiedź przygotowywana w formie pisemnej zawarta w sprawozdaniu - nie musi być udzielana w trakcie zajęć

Instrukcja do ćwiczeń jest zwykle podzielona na etapy. Każdy etap zawiera szereg poleceń w formie numerowanego wykazu. Polecenia do ćwiczeń należy wykonywać w podanej kolejności.