Differences between revisions 1 and 53 (spanning 52 versions)
Revision 1 as of 2006-10-02 16:23:54
Size: 1319
Comment:
Revision 53 as of 2019-10-08 10:58:56
Size: 2383
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 1: Line 1:
#acl All:read
Line 3: Line 5:
Kurs obowiązkowy dla studentów IV roku biofizyki. Kurs odbywa się w
semestrze zimowym i ob
ejmuje 12 godzin wykładów, 27 godzin ćwiczeń
oraz 6 godzin seminariów
(ECTS: 4). Na zaliczenie kursu wpływa ocena
ze sprawozda
ń z ćwiczeń (45%), egzamin testowy (30%) oraz prezentacja
seminaryjna (25%
). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest
zaliczenie kursu '''Podstawy bioinformatyki'''.
Kurs obowiązkowy dla studentów IV roku kierunku Biofizyka. Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów oraz 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (36 pkt), sprawozdania (4 pkt), dwóch testów praktycznych (2x30 pkt). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursu [[FundamentalsOfBioinformatics|Podstawy Bioinformatyki (BT282)]].
Line 10: Line 7:
== Opis kursu == Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne (MSA). [3] Metody wyznaczania MSA. [4] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [5] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [6, 7] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [8] Metody przewidywania struktury białek. [9] Metaserwery.
Line 12: Line 9:
W trakcie wykładów dokonany zostanie przegląd zastosowań wybranych
technik bioinformatycznych w dziedzinach biologii molekularnej,
biotechnologii, biofizyki, genomiki porównawczej, proteomiki oraz
molekularnej analizy filogenetycznej. Ćwiczenia do kursu obejmują: [1]
techniki uzyskiwania globalnego uliniowienia wielosekwencyjnego, [2]
analizę i edycję uliniowień wielosekwencyjnych, [3] probabilistyczne
modelowanie sekwencji białek i kwasów nukleinowych, [4] analizę
domenowej architektury białek, [5] identyfikację motywów sekwencyjnych
i sygnatur białkowych, [6] analizę kontroli metabolicznej, [7] metody
porównywania tempa ewolucji molekularnej, [8] techniki wyznaczania i
weryfikacji drzew filogenetycznych, [9] metody opracowywania danych z
mikromacierzy, [10] metody przewidywania struktury przestrzennej
białek.
Program ćwiczeń: [1] Dopasowania wielu sekwencji. Baza danych dopasowań referencyjnych: !BaliBase. [2] Klasyfikacja i kategoryzacja danych z mikromacierzy. [3] Edycja dopasowań wielu sekwencji programami ClustalX i !JalView. [4] Analiza domenowej architektury białek (Hmmer i Pfam). [5] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [6] Zaawansowane techniki molekularnej analizy filogenetycznej. [7] Podstawy modelowania porównawczego (Modeller). [8] Metaserwery wykorzystywane w przewidywaniu struktury białek. [9] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych. [10] Końcowy test kompetencji bioinformatycznych.


----

Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2014/2015):

 wykłady:: wtorek (14:30-15:30, sala D104)
 ćwiczenia:: wtorek (16:00-18:00, sala D111, biofizyka)

----

 * strony dostępne dla uczestników kursu

  . [[/LectureSchedule|Wykłady]]

  . [[/LabSchedule|Instrukcje do ćwiczeń]]

  . [[/Assignments|Sprawozdania]]

  . [[/ViewScores|Oceny cząstkowe]]

  . [[SubmitAssignment|Deponowanie sprawozdań]]

  . [[/TestYourself|Przykładowe zadania do samodzielnego rozwiązania]]

 * strony dla prowadzących zajęcia

  . [[/Notes|Uwagi i notatki]]

  . [[/Admin|Sprawy administracyjne]]
 
----

== Literatura ==

 * [[eLibrary/AppliedBioinformatics|Materiały uzupełniające dla uczestników kursu]]
 * ''Bioinformatyka i ewolucja molekularna'', Higgs & Attwood, PWN 2008
 * ''Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis'', Mount, CSHLP 2004

Zastosowania bioinformatyki

Kurs obowiązkowy dla studentów IV roku kierunku Biofizyka. Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów oraz 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (36 pkt), sprawozdania (4 pkt), dwóch testów praktycznych (2x30 pkt). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursu Podstawy Bioinformatyki (BT282).

Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne (MSA). [3] Metody wyznaczania MSA. [4] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [5] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [6, 7] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [8] Metody przewidywania struktury białek. [9] Metaserwery.

Program ćwiczeń: [1] Dopasowania wielu sekwencji. Baza danych dopasowań referencyjnych: BaliBase. [2] Klasyfikacja i kategoryzacja danych z mikromacierzy. [3] Edycja dopasowań wielu sekwencji programami ClustalX i JalView. [4] Analiza domenowej architektury białek (Hmmer i Pfam). [5] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [6] Zaawansowane techniki molekularnej analizy filogenetycznej. [7] Podstawy modelowania porównawczego (Modeller). [8] Metaserwery wykorzystywane w przewidywaniu struktury białek. [9] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych. [10] Końcowy test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2014/2015):

wykłady
wtorek (14:30-15:30, sala D104)
ćwiczenia
wtorek (16:00-18:00, sala D111, biofizyka)



Literatura

BioInfoCourses: AppliedBioinformatics (last edited 2019-11-27 15:27:47 by KrzysztofMurzyn)