Differences between revisions 41 and 42
Revision 41 as of 2011-10-04 13:47:32
Size: 2489
Comment:
Revision 42 as of 2011-10-10 12:19:40
Size: 2496
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 7: Line 7:
Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne. [3] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [4] Analiza kontroli metabolicznej. [5] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [6, 7] Metody przewidywania struktury białek. [8, 9] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [10] Przegląd oprogramowania wykorzystywanego w molekularnej analizie filogenetycznej (Phylip, Mega, !MrBayes). Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne. [3] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [4] Analiza kontroli metabolicznej. [5] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [6, 7] Metody przewidywania struktury białek. [8, 9] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej.   ## [10] Przegląd oprogramowania wykorzystywanego w molekularnej analizie filogenetycznej (Phylip, Mega, !MrBayes).

Zastosowania bioinformatyki

Kurs obowiązkowy dla studentów IV roku kierunku Biofizyka. Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów oraz 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (40%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (20%) i testu końcowego (30%). Warunkiem wstępnym uczestnictwa w kursie jest zaliczenie kursu Podstawy Bioinformatyki (BT282).

Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie. [2] Dopasowania wielosekwencyjne. [3] Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych. [4] Analiza kontroli metabolicznej. [5] Motywy i ślady sekwencyjne. Analiza domenowej architektury białek. [6, 7] Metody przewidywania struktury białek. [8, 9] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej.

Program ćwiczeń: [1] Dopasowania wielu sekwencji. Baza danych dopasowań referencyjnych: BaliBase. [2] Edycja dopasowań wielu sekwencji programami ClustalX i JalView. [3] Klasyfikacja i kategoryzacja danych z mikromacierzy. [4] Analiza kontroli metabolicznej. [5] Analiza domenowej architektury białek (Hmmer i Pfam). [6] Podstawy modelowania porównawczego (Modeller). [7] Metaserwery wykorzystywane w przewidywaniu struktury białek. [8] Podstawy molekularnej analizy filogenetycznej. [9] Zaawansowane techniki molekularnej analizy filogenetycznej. [10] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2010/2011):

wykłady
wtorek (14:50-15:50, sala P.02)
ćwiczenia
wtorek (12:20-14:20, sala D111 gr. 1; 16:00-18:00, sala D111 gr. 2)



Literatura

BioInfoCourses: AppliedBioinformatics (last edited 2019-11-27 15:27:47 by KrzysztofMurzyn)