Bioinformatyka dla studentów Biochemii

Kurs obowiązkowy dla studentów II roku Biochemii. Kurs odbywa się w semestrze letnim i obejmuje 10 godzin seminariów oraz 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 3). Zarówno ćwiczenia jak i seminaria kończą się niezależnie zaliczeniem na ocenę. Na zaliczenie ćwiczeń składają się ocena z samych ćwiczeń (max. 24pkt, 8 spotkań), testu powtórkowego (max. 6 pkt, test 40 min + dyskusja wyników 60 min) oraz dwóch testów praktycznych (każdy po 35 pkt, każdy po 60 min) - łącznie maks. 100 pkt.

Program seminariów (3h każde): [1] Wprowadzenie. Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [2] Elementarna analiza sekwencji. Dopasowanie sekwencji. Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [3] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (3h każde): [3] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [4] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [5] Macierze kropkowe. [6] Dopasowania sekwencji. [7] Algorytm FASTA. [8] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. W terminie 9. sesji ćwiczeniowej na pierwszej części ćwiczeń realizowany jest krótki test powtórkowy. Następnie, w terminach uzgodnionych z koordynatorem ćwiczeń, przeprowadzane są w trakcie dwóch spotkań, dwa testy praktyczne.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2020/21):

seminaria
  • poniedziałki (15:00-17:00, Teams) wtorki (8:00-17:00, Teams)
ćwiczenia
  • wtorki (12:00-14:15 oraz 14:30-16:45, Teams/Pegaz)



Literatura

  • Informacje o kursie
  • Wprowadzenie do wybranych zagadnień w bioinformatyce PDF

  • Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Higgs & Attwood, PWN 2008

BioInfoCourses: EssentialBioinformatics (last edited 2021-03-01 13:47:40 by KrzysztofMurzyn)