Differences between revisions 62 and 63
Revision 62 as of 2013-10-02 11:38:49
Size: 2389
Comment:
Revision 63 as of 2013-10-24 11:26:16
Size: 2389
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 23: Line 23:
  . środa 8:30-10:30, sala D111 i D112
  . środa 10:45-12:45, sala D111 i D112
  . środa 8:30-10:30, sala D111 i B019
  . środa 10:45-12:45, sala D111 i B019

Bioinformatyka (BT107)

Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (40%) i testu końcowego (30%).

Program wykładów (ok. 60 min każdy): [1] Wprowadzenie i sprawy organizacyjne. [2] System GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [3] Programowanie w Pythonie. [4] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [5] Zintegrowany system wyszukiwania sekwencji (SRS). [6] Elementarna analiza sekwencji. [7] Dopasowanie sekwencji. [8] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [9, 10] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (ok 2h każda): [1] Powłoka systemu GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [2] Wizualizacja struktury przestrzennej makrocząsteczek (PyMOL) [3] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [4] Zintegrowany system wyszukiwania sekwencji (SRS). [5] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [6] Macierze kropkowe. [7] Dopasowania sekwencji. [8] Algorytm FASTA. [9] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. [10] Praktyczny test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2013/2014):

wykłady
  • środa (14:00-15:00, sala P.02)
ćwiczenia
  • środa 8:30-10:30, sala D111 i B019
  • środa 10:45-12:45, sala D111 i B019
  • środa 15:15-17:15, sala D111 i D112
  • środa 17:30-19:30, sala D111 i D112



Literatura

BioInfoCourses: IntroBioinformatics (last edited 2019-11-27 15:27:31 by KrzysztofMurzyn)