Differences between revisions 66 and 75 (spanning 9 versions)
Revision 66 as of 2015-10-07 11:31:33
Size: 2273
Comment:
Revision 75 as of 2019-11-27 15:27:31
Size: 2842
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 10: Line 10:
Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (35%) i testu końcowego (35%). Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (36 pkt), jednego sprawozdania (4 pkt) oraz dwóch testów praktycznych (2x30 pkt). Bardziej szczegółowe informacje dot. zaliczeń oraz skali ocen podawane są na pierwszym wykładzie.
Line 12: Line 12:
Program wykładów: [1] Wprowadzenie i sprawy organizacyjne. [2] System GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [3] Programowanie w Pythonie. [4] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [5] Elementarna analiza sekwencji. [6] Dopasowanie sekwencji. [7] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [8, 9] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST. Program wykładów: [1] Wprowadzenie i sprawy organizacyjne. [2] System GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [3] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [4] Elementarna analiza sekwencji. [5] Dopasowanie sekwencji. [6] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [7,8] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.
Line 21: Line 21:
  . środa (14:00-15:00, sala 1.0.2)   . środa (14:00-15:00, sala P0.3)
Line 37: Line 38:

  . [[/ViewScores|Oceny cząstkowe]]
Line 57: Line 56:

== Zasoby internetowe ==

 * [[https://msdn.microsoft.com/en-us/commandline/wsl/install_guide?f=255&MSPPError=-2147217396|Instalacja podsystemu linuxowego na komputerach z Windows10]]
 * [[https://solarianprogrammer.com/2017/04/16/windows-susbsystem-for-linux-xfce-4/|Interfejs graficzny XFCE w ramach linuxowego subsystemu Windows10]]
 * [[http://tille.garrels.be/training/tldp/|Introduction to Linux: A Hands on Guide]] częściowe przetłumaczona na [[https://pl.wikibooks.org/wiki/Linux_-_wprowadzenie|język polski]]

Bioinformatyka (BT107)

Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (36 pkt), jednego sprawozdania (4 pkt) oraz dwóch testów praktycznych (2x30 pkt). Bardziej szczegółowe informacje dot. zaliczeń oraz skali ocen podawane są na pierwszym wykładzie.

Program wykładów: [1] Wprowadzenie i sprawy organizacyjne. [2] System GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [3] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [4] Elementarna analiza sekwencji. [5] Dopasowanie sekwencji. [6] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [7,8] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (ok 2h każda): [1] Powłoka systemu GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [2] Wizualizacja struktury przestrzennej makrocząsteczek (PyMOL) [3] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [4] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [5] Macierze kropkowe. [6] Dopasowania sekwencji. [7] Algorytm FASTA. [8] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. [9, 10] Praktyczny i końcowy test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2013/2014):

wykłady
  • środa (14:00-15:00, sala P0.3)
ćwiczenia
  • środa 8:30-10:30, sala D111
  • środa 10:45-12:45, sala D111, D112 (opcja B019)
  • środa 15:15-17:15, sala D111 i D112
  • środa 17:30-19:30, sala D111



Literatura

Zasoby internetowe

BioInfoCourses: IntroBioinformatics (last edited 2019-11-27 15:27:31 by KrzysztofMurzyn)