Differences between revisions 72 and 73
Revision 72 as of 2018-10-03 10:11:18
Size: 2803
Comment:
Revision 73 as of 2019-10-09 09:48:58
Size: 2913
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 10: Line 10:
Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (20%), sprawozdań (10%), testu praktycznego (35%) i testu końcowego (35%). Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (36 pkt), jednego sprawozdania (4 pkt) oraz dwóch testów praktycznych (2x30 pkt). Bardziej szczegółowe informacje dot. zaliczeń oraz skali ocen podawane są na pierwszym wykładzie.

Bioinformatyka (BT107)

Kurs obowiązkowy dla studentów pierwszego stopnia kierunku Biotechnologii (III rok) oraz studentów Biologii (specjalność: Biologia molekularna). Kurs odbywa się w semestrze zimowym i obejmuje 15 godzin wykładów i 30 godzin ćwiczeń (ECTS: 4). Na zaliczenie kursu składa się ocena z ćwiczeń (36 pkt), jednego sprawozdania (4 pkt) oraz dwóch testów praktycznych (2x30 pkt). Bardziej szczegółowe informacje dot. zaliczeń oraz skali ocen podawane są na pierwszym wykładzie.

Program wykładów: [1] Wprowadzenie i sprawy organizacyjne. [2] System GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [3] Programowanie w Pythonie. [4] Internetowe zasoby informacji o białkach i genach. [5] Elementarna analiza sekwencji. [6] Dopasowanie sekwencji. [7] Macierze punktacji podstawień aminokwasowych. [8, 9] Algorytmy heurystyczne: FASTA i BLAST.

Program sesji ćwiczeniowych (ok 2h każda): [1] Powłoka systemu GNU/Linux. Wyrażenia regularne. [2] Wizualizacja struktury przestrzennej makrocząsteczek (PyMOL) [3] Serwisy internetowe: Entrez i WebOfScience. [4] Wprowadzenie do pakietu EMBOSS. [5] Macierze kropkowe. [6] Dopasowania sekwencji. [7] Algorytm FASTA. [8] Algorytmy: BLAST i PSI-BLAST. [9, 10] Praktyczny i końcowy test kompetencji bioinformatycznych.


Terminy i miejsce zajęć (rok akademicki 2013/2014):

wykłady
  • środa (14:00-15:00, sala P0.3)
ćwiczenia
  • środa 8:30-10:30, sala D111
  • środa 10:45-12:45, sala D111, D112 (opcja B019)
  • środa 15:15-17:15, sala D111 i D112
  • środa 17:30-19:30, sala D111



Literatura

Zasoby internetowe

BioInfoCourses: IntroBioinformatics (last edited 2019-11-27 15:27:31 by KrzysztofMurzyn)