Edytory i przetwarzanie tekstu

Do największych zalet systemu Linux zalicza się szerokie możliwości pracy w konsoli, o czym już można było się przekonać na poprzednich ćwiczeniach. Dla systemów z rodziny UNIX dostępnych jest kilka mniej lub bardziej zaawansowanych konsolowych edytorów tekstu. W tym ćwiczeniu pominiemy edytory działające w trybie graficznym, gdyż nie wyróżniają się one w żaden sposób od innych edytorów dostępnych dla innych typów systemu. Studenci zapoznają się z dwoma najważniejszymi konsolowymi edytorami tekstu dla Linuxa: Vi (Vim) i emacs

Wszystkie popularne dystrybucje Linuxa są wyposażone w zestaw programów służących do przeszukiwania oraz przetwarzania plików tekstowych. Pozwalają one na szybkie wykonanie niekiedy skomplikowanych przekształceń bez konieczności uciekania się do bardziej zaawansowanych narzędzi. Program grep służy do przeszukiwania ciągów tekstowych; sed pozwala na szykbą selekcję i modyfikacje tekstu. Bardziej zaawansowane funkcje, takie jak operacje arytmetyczne, są dostępne poprzez interpreter języka awk. Wszystkie z tych narzędzi mogą korzystać z wyrażeń regularnych (ang. regular expressions) które pozwalają na szybkie i zwięzłe definiowanie wzorców (ciągów tekstowych) wyszukiwanych w analizowanym tekście.

W trakcie wykonywania ćwiczeń z pewnością przyda się umiejętność sprawnego korzystania ze stron pomocy używanych programów.


Ćwiczenie należy wykonywać na serwrze bioinfo w podanej kolejności:

  1. vi i vim.

  2. Wyrażenia regularne. Program grep.

  3. Strumieniowe przetwarzanie tekstu - program sed.

  4. Język awk.


BioInfoCourses: IntroLinux/TextEditorsAndTextProcessing (last edited 2019-04-16 11:49:10 by MichalMarkiewicz)