Differences between revisions 6 and 7
Revision 6 as of 2019-10-09 12:41:52
Size: 1522
Comment:
Revision 7 as of 2019-10-09 12:42:03
Size: 1522
Comment:
Deletions are marked like this. Additions are marked like this.
Line 14: Line 14:
   * ulb wydając komendę:    * lub wydając komendę:

Jak dodać atomy wodoru do struktury ich nie posiadającej?

  1. Dla zdefiniowanej selekcji:
    • wybierając w wewnetrznym GUI dla żądanego zaznaczenia:

      A/hydrogens/add

    • lub wydając komendę:

      h_add selection

    gdzie selection, to zaznaczenie, dla którego chcemy uzupełnić atomy

  2. Dla pojedynczego atomu:
    • zaznaczając w trybie edycji dany atom i:
      • wybierając w górnym menu:

        Build/Fill hydrogens

      • lub wydając komendę:

        h_fill

      Uwaga: Wodory zostaną dodane tylko do pierwszego wybranego atomu lub do pierwszego i drugiego, jeśli pomiędzy nimi isnieje wiązanie


Jak zaobrazować powierzchnię van der Waals'a ?

  1. Używając reprezentacji czaszowej (spheres) lub ?kropkowej (dots) z domyślnymi wartościami:
    • wybierając w wewnetrznym GUI dla żądanego zaznaczenia:

      S/as/spheres|dots/

    • lub wydając komendę:

      show spheres|dots, selection gdzie selection, to zaznaczenie, dla którego chcemy uzupełnić atomy

  2. Generując powierzchnię Connolly'go używając sondy o średnicy 0:
    • Setting->Edit All-> solvent_radius = 0 # Ustawiamy średnicę rozpuszczalnika (sondy)

      show surface  # Generujemy powierzchnię


Jak zaobrazować powierzchnię Connolly'ego ?

    • show surface Jeśli była modyfikowana średnica sondy, nalezy przywrócić wartość domyślną:

      Setting->Edit All-> solvent_radius = 1.4

      rebuild

BioInfoCourses: IntroModMol/HowTo (last edited 2019-10-09 12:42:03 by MichalMarkiewicz)